Ürünün İşlenmesi sırasında İşletme kontrolü yapılır. Burada İşletmenin şartları,temizlenme koşulları (kullanılan maddeler), fümigasyon gazlarının kullanılıp kullanılmadığı,ürünün iyanizasyona tabi tutulup tutulmadığı,ürünün işlenmesi sırasında kullanılan ek katkı maddeleri ve bunların özellikleri yerinde incelenir. Ayrıca ürünün depolanması ve işlenmesi sırasında karışma rizikoları ürüne yapılan müdahaleler,paketleme, etiketleme özellikleri de incelenir ve sertifikalandırılır.
Ürünler paketli olarak tüketiciye sunuluyorsa paketleme materyalinin organik standartlara uygun olanı seçilir.